連合国軍最高司令官から終戦連絡中央事務局を通じて日本政府に通達され、本人には米第8憲兵司令部への出頭命令という形で伝達され、100名を優に超える逮捕者を出した。尚、出頭命令を受ける前に杉山元は9月12日に自殺している（第二次戦犯指名リストには掲載されていた）。
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また、フィリピンでの行為はマニラ軍事法廷で裁かれたため、フィリピンで捕虜にならず帰国していた者は日本で逮捕後、マニラへ送還された。
第一次戦犯指名
1945年9月11日に逮捕命令（39名）。主に東條内閣閣僚が逮捕される。
東條英機（9月11日に自殺未遂）、東郷茂徳、嶋田繁太郎、賀屋興宣、鈴木貞一、土肥原賢二
岸信介、岩村通世、小泉親彦（9月13日に自殺）、橋田邦彦（9月14日に自殺）、井野碩哉、本間雅晴（マニラの軍事法廷で死刑判決）、黒田重徳（マニラの軍事法廷で終身刑判決）、村田省蔵、寺島健、長浜彰（マニラの軍事法廷で死刑判決）ら
1945年10月22日に逮捕命令(1名)
安倍源基
第二次戦犯指名
1945年11月19日に逮捕命令(11名)
荒木貞夫、小磯国昭、松岡洋右、松井石根、南次郎、白鳥敏夫
本庄繁（11月20日に自殺）、鹿子木員信、久原房之助、葛生能久、真崎甚三郎
第三次戦犯指名
1945年12月2日に逮捕命令(59名)
畑俊六、平沼騏一郎、広田弘毅、星野直樹、大川周明、佐藤賢了
鮎川義介、天羽英二、安藤紀三郎、青木一男、有馬頼寧、藤原銀次郎、古野伊之助、郷古潔、後藤文夫、秦彦三郎、本多熊太郎、井田磐楠、池田成彬、池崎忠孝、石田乙五郎、石原広一郎、上砂勝七、河辺正三、菊池武夫、木下栄市、小林順一郎、小林躋造、児玉誉士夫、松阪広政、水野錬太郎、牟田口廉也、長友次男、中島知久平、中村明人、梨本守正（梨本宮守正王）、西尾寿造、納見敏郎、岡部長景、大倉邦彦、大野広一、太田耕造、太田正孝、桜井兵五郎、笹川良一、下村宏、進藤一馬、塩野季彦、四王天延孝、正力松太郎、多田駿、高橋三吉、高地茂都、谷正之、徳富猪一郎（徳富蘇峰）、豊田副武、津田信吾、後宮淳、横山雄偉
第四次戦犯指名
1945年12月6日に逮捕命令(9名)。国際検察局（IPS）が追加逮捕。
木戸幸一、大島浩
近衛文麿（12月16日に自殺）、酒井忠正、大河内正敏、緒方竹虎、大達茂雄、伍堂卓雄、須磨弥吉郎
1946年3月16日に逮捕命令(1名)
永野修身
1946年4月7日に逮捕命令(1名)
岡敬純
1946年4月29日に逮捕命令(2名)
梅津美治郎、重光葵
その他
板垣征四郎、木村兵太郎、武藤章は外地で逮捕。橋本欣五郎は国内で単独で逮捕。大谷敬二郎元東部憲兵隊司令官は、戦犯指名を受けるも逃亡。1949年に山口県内で発見されて逮捕された。
またテイ・モン（日本占領中の駐日ビルマ大使）、ホセ・P・ラウエル（日本占領中のフィリピン大統領）、ハインリヒ・シュターマー（駐日ドイツ大使）、アルフレート・クレッチマー（ドイツ大使館付武官・陸軍中将）ら外国人も多数逮捕されている。